Für eine Wurzelresektion (Wurzelspitzenresektion) ist die Indikation gegeben, wenn Entzündungsherde der Wurzelspitzen sich trotz einer Wurzelkanalbehandlung nicht zurückbilden oder sogar eine zystische Raumforderung entstanden ist. Um den Zahn zu erhalten, kann eine Wurzelspitzenresektion erfolgen. Die Operation erfolgt unter örtlicher Betäubung in der Regel von der Außenseite des Kiefers.
Bei abgeschlossener Wurzelkanalbehandlung wird operativ die entzündete Wurzelspitze und infizierte Wurzelnähe sowie die zystische Raumforderung entfernt, gesäubert und die Wurzelkanäle zusätzlich retrograd (rückläufig) mit speziellem Füllungsmaterial abgefüllt. Falls die Wurzelkanalbehandlung noch nicht abgeschlossen sein sollte, werden die Wurzelkanäle während des Eingriffs retrograd abgefüllt und anschließend die Wurzelspitzen abgekappt. Nach Säuberung des Operationsgebietes wird die Wunde mit Nähten verschlossen. Nach zwei Monaten kann der Zahn mit einer Krone versorgt werden.